Рассказываю, как было.
Супруга получила немецкую визу. Въехала в Австрию без проблем. Провела пару дней в Вене и нормально выехала.
При следующем обращении в посольство Германии за визой - в визе было отказано. Как Вы правильно заметили за нарушение правила въезда. Но мы настаивали на том, что ничего не нарушали, мол были в Мюнхене, просто билетов не было и летели через Вену. В итоге жена собеседовалась с сотрудником посольства - он расспрашивал где она жила, что видела и прочее. Но визу все-таки дали.
Потом жена получала много разных не немецких Шенгенов - без проблем. Но вот спустя года три снова запросили немецкий и на собеседовании в посольстве спросили - а что, у вас был отказ? Т.е. пометка в немецкой базе осталась. Визу дали.